Misi Ortodoks modern di Indonesia dimulai pada akhir 1980-an melalui pelayanan Rm. Daniel Bambang Dwi Byantoro. Lahir dari keluarga Muslim, ia menemukan iman Orthodox saat belajar di luar negeri, dibaptis pada 1983, dan ditahbiskan menjadi imam. Kembalinya ke Indonesia menandai babak baru. Baptisan massal pertama terjadi pada 1989, diikuti pendirian Paroki Holy Trinity di Solo, Jawa Tengah, pada 1996. Sejak itu, komunitas berkembang secara bertahap menjadi puluhan paroki dan pos misi yang tersebar di Jawa, Sumatra, Bali, dan pulau-pulau lainnya. Saat ini, ribuan umat Orthodox hidup di bawah beberapa yurisdiksi berbeda, antara lain Russian Orthodox Church (misalnya Paroki St. Thomas di Jakarta) dan Ecumenical Patriarchate (seperti paroki di Medan dan Bali). Pertumbuhan ini didukung oleh konversi lokal, adaptasi budaya, serta dukungan dari gereja-gereja Ortodoks di luar negeri.

Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat (Bimas) Kristen Kementerian Agama RI menerima kunjungan Wakil Duta Besar Rusia untuk Indonesia, Veronika Wovoseltseva, bersama perwakilan Russian Orthodox Church (ROC) yang dipimpin oleh Bishop Pitirim pada Selasa, 26 Agustus 2025. Pertemuan ini difokuskan pada pembahasan proses legalitas dan pendaftaran ROC sebagai organisasi keagamaan Kristen di Indonesia.